Não. Não há nada de errado com isso. É claro que será mais lento do que usar dois discos de alto desempenho.
Não há motivo para reinstalar, basta adicionar a nova unidade à matriz existente. Use a nova funcionalidade de substituição do mdadm, se você a tiver. Caso contrário, eu aumentaria temporariamente o array para 3 dispositivos, deixaria a sincronização completa, falha & remova a unidade que você está removendo e encolha a matriz de volta para dois dispositivos.