O espaço disponível no próprio MBR é pequeno. (Cerca de 400 bytes ou algo assim.) Isso é muito pequeno para caber um driver inteiro do sistema de arquivos. Sem um driver de sistema de arquivos, não há como descobrir onde no disco o kernel está armazenado e, portanto, você não pode carregar o kernel.
Você pode tentar codificar permanentemente a localização do kernel no próprio MBR. Mas, se o arquivo já se mover no disco (por exemplo, você desfragmenta o disco), o sistema para de inicializar.
EFI aparentemente inclui um driver FAT, o que significa que você pode colocar vários arquivos em uma partição formatada com FAT e carregar executáveis a partir de lá. Então você poderia colocar o kernel Linux nisso de alguma forma ... Eu não sei o suficiente sobre a EFI para falar muito sobre isso.