Respondendo a minha própria pergunta ... Na verdade, é possível remover completamente o diretório do servidor remoto (incluindo o próprio diretório). Veja o exemplo abaixo:
rsync -r --delete --include 'x/***' --exclude '*' local_empty_directory/ rsync://some_server/some_share/x_parent_directory
A chave é limpar o diretório pai para x ( x_parent_directory no exemplo) usando o diretório vazio local local_empty_directory , excluindo tudo usando --exclude '*' e incluindo apenas o diretório que queremos excluir ( x no exemplo) e seu conteúdo em --include 'x/***' .