Primeiro, A single quote may not occur between single quotes, even when preceded by a backslash. , ref Manual de bash
Em segundo lugar, você pode querer usar algum outro caracter como separador ao invés de / , já que você tem / na string de substituição.
Então, como resultado:
sudo sed "s#listen = 127.0.0.1:9000#listen = '/var/run/php56-fpm.sock'#g" /etc/php-fpm.d/www.conf
não use -i , dê uma olhada na impressão para verificar se ela funciona como esperado.