O mais fácil seria configurar o SSH e usar o SCP. Se você está transferindo arquivos para o servidor do CentOS, faça o seguinte:
No CentOS:
sudo yum -y install openssh-server openssh-clients
sudo chkconfig sshd on
sudo service sshd start
Na caixa do Ubuntu, execute:
scp sourcefile.txt [email protected]:/target/directory/