Você não tem pacotes duplicados.
Como diz que você tem uma duplicata na sua lista de fontes. Como você conserta isso pode depender do Gerenciador de Pacotes que você usa. Para ir direto para a lista de fontes, abra um Terminal e emita o comando:
gksudo gedit /etc/apt/sources.list
Procure pela duplicata. Você pode desativar um colocando um # no início da linha ou removendo linhas duplicadas.
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