comm -1 -3 a.txt b.txt > c.txt
O -1 exclui as linhas que estão apenas em a.txt e o -3 exclui as linhas que estão em ambos. Assim, apenas as linhas exclusivamente em b.txt são produzidas (consulte man comm ou comm --help para detalhes). A saída é redirecionada para c.txt
Se você quiser a diferença entre os dois arquivos, use diff em vez de comm . por exemplo,
diff -u a.txt b.txt > c.txt