Eu sei que esta não é a resposta que você está procurando, mas acho que é a certa:
Você não faz. Você apenas usa o Debian estável para isso.
Se você quiser usar pacotes novos e atualizados, terá que conviver com os (raros) momentos de pacotes quebrados. Não há como os mantenedores de pacotes verificarem se uma de suas (muitas) dependências possui uma atualização que pode quebrar seu próprio pacote, já que eles teriam que examinar todos os changelogs e também executar testes, porque às vezes os changelogs não são precisos ou completos .
Como alternativa, você pode usar o debian stable e misturar alguns pacotes da unstable se realmente precisar de uma versão atualizada dele. Mas você ainda precisa verificar se as atualizações desses pacotes são compatíveis com seu sistema estável.
Você deve sempre poder reverter para versões anteriores de pacotes, desde que não limpe o cache. Você pode clonar sua máquina, tentar a atualização e, se os testes forem bem-sucedidos, você poderá fazer as atualizações na sua máquina principal.
Do you actually manually check the bug reports for each individual package, or is there a more efficient way of doing this? When you are maintaining a Debian unstable system, what steps do you take during system-wide updates like this to know when to hold off on updating?
Eu não uso instável para sistemas produtivos que precisam funcionar e não podem pagar por nenhum tempo de inatividade. Para os sistemas instáveis: eu cruzo meus dedos e atualizo. Se algo não funcionar como esperado, basta carregar meu último snapshot btrfs para reverter todo o meu sistema e esperar até que os problemas sejam corrigidos no upstream.