A menos que você esteja fazendo algo incomum, como instalar pacotes diretamente em seu diretório pessoal (por exemplo, com Prefixo do Gentoo ) , arquivos em ~/.config não serão colocados lá pelo gerenciador de pacotes. A maioria, se não todos os gerenciadores de pacotes, ignoram completamente o conteúdo dos diretórios pessoais de usuários individuais. Assim, você não poderá obter informações sobre esses arquivos de configuração específicos do usuário no gerenciador de pacotes.
Além disso, não conheço nenhum banco de dados ou registro amplamente aceito ou qualquer outra coisa que contenha informações sobre arquivos em ~/.config . Existe uma convenção generalizada de que o nome do arquivo ou diretório deve referenciar o nome do programa que o criou de alguma forma, mas essa é uma diretriz bastante vaga e não é aplicada.
Se você quiser apenas descobrir qual aplicativo é responsável pela criação de um arquivo, se não souber dizer a partir do nome, não tenho muito a acrescentar a resposta do thrig . Você provavelmente terá que encontrar uma maneira de obter um programa para acessá-lo.