Um número que começa com um zero é considerado um número octal.
Os números octais devem ter dígitos no intervalo de 0 a 7 (não 8 ou 9).
O 9 em 0039
é, portanto, "valor muito grande para a base"
Isso funciona, no entanto, (supondo que o 0039 seja um número hexadecimal):
$ echo $((0x0039))
57
Se você quiser o número convertido, faça:
$ number=0039
$ printf 'octal=%o decimal=%d hexadecimal=%x\n' "$((0x$number))"{,,}
octal=71 decimal=57 hexadecimal=39