Quando o sistema é reinicializado sem que os arquivos sejam liberados pela primeira vez, é possível que um arquivo que está sendo gravado tenha o novo tamanho, mas os dados ainda não tenham sido gravados no disco.
Nesse caso, o buraco no arquivo conterá caracteres NUL. (Também é possível criar deliberadamente arquivos com falhas neles sem reiniciar, mas não acho que isso seja aplicável ao seu cenário.)
Algumas ferramentas exibirão caracteres NUL como ^@ , que é um espaço reservado para um único caractere não imprimível e é totalmente diferente de um ^ seguido por um @ , motivo pelo qual seu comando grep não funcionará .
Com essa informação, consegui encontrar uma resposta em um site irmão. A solução sugerida é usar os seguintes argumentos para o grep:
grep -Pa '\x00'
Eu testei que isso funciona para mim. Observe que usar -P ou -a sozinho não funciona, você precisa dos dois antes que \x00 funcione.