Resposta curta: A estação de trabalho Fedora e o servidor Fedora têm acesso a todos os mesmos pacotes. O que os diferencia é a escolha de pacotes incluídos por padrão.
A estação de trabalho vem pré-instalada com uma interface gráfica do usuário (GUI) e programas de estação de trabalho comumente usados (suítes de escritório, jogos, etc.).
O servidor é fornecido sem uma GUI - ele é fornecido com uma configuração do servidor OpenSSH e a opção de incluir alguns itens básicos essenciais do servidor (servidores da Web, servidores de e-mail, etc) fora da caixa.
Se você estiver confortável com uma linha de comando, eu recomendaria a opção do servidor. Se você preferir usar aplicativos gráficos, vá com a estação de trabalho. O importante aqui é que uma das opções não limita suas escolhas em termos do que você pode instalar no futuro.