Eu vejo isso acontecer no Ubuntu 12.04. Quando eu conecto um cartão SD que contém boot e rootfs partitions, somente o rootfs é montado automaticamente, mas não o boot. A única diferença entre esses dois é que boot partition é tipo FAT32, enquanto rootfs é ext4 type.
Então eu entendo que o Ubuntu não monta automaticamente o FAT32. Mas por que isso é assim?
A filosofia do Linux não faz mal. Então, montar qualquer coisa sem o seu conhecimento não é uma boa ideia. Se não está montado, é seguro. Se ele montasse, eu faria a pergunta oposta.
Segurança em primeiro lugar!
As partições NTFS também não são montadas automaticamente, provavelmente pelo mesmo motivo.