Accordint para testar com
watch updatedb
Aguarda o término do programa, antes de iniciar outra sessão.
Não tenho certeza se faz sentido executar o rsync com o relógio. Se você quiser acionar a execução regular, use o cron.
Se você deseja executar seu rsync com mais frequência, escreva o script com ciclo permanente (while true) e use o pgrep para detectar o rsync em execução. Se detectado, aguarde seu tempo definido e teste em outra iteração do ciclo.