Você pode criar uma função ou um script para verificar algum arquivo no diretório atual e alterar o comportamento com base nisso:
l() {
if [ -f ./.ls-literal-quote ] ; then
ls --quoting-style=literal "$@"
else
ls --sort=extension "$@"
fi
}
Algo assim permitiria que você mantivesse a configuração no próprio diretório, em vez de um local centralizado, se é isso que você quer.
Agora, isso requer lixo nos diretórios envolvidos com arquivos extras, mas você pode conseguir contornar isso usando atributos estendidos (se o seu sistema suportar isso).