Você precisa concluir o comando s com um% final/:
sed -E 's/native_transport_port:\s9042/native_transport_port:\s9080/'
Enquanto estou nisso, \s não significa nada de especial na seção de substituição, ela se torna s ; então você deve fazer
sed -E 's/native_transport_port:\s9042/native_transport_port: 9080/'
ou, se você quiser reproduzir o espaço em branco como está,
sed -E 's/(native_transport_port:\s)9042/080/'
que reutiliza o texto correspondente na substituição.
Se o seu sed não for compatível com o estilo Perl \s , você poderá corresponder no espaço:
sed 's/native_transport_port: 9042/native_transport_port: 9080/'