Não com um comando cut . Você poderia fazer isso com awk :
awk -F '\t' '{print $1 > "file1"; print $2 > "file2"}' < file
Ou para todos os campos:
awk -F '\t' '{for (i = 1; i <= NF; i++) print $i > "file" i}' < file
Ou para evitar a leitura do arquivo duas vezes, com pipes e 2 cut invocations, com um shell como AT & T ksh, zsh ou bash com suporte para substituição de processo:
< file tee >(cut -f2 > file2) | cut -f1 > file1
Tenha em atenção que ksh e bash não aguardam por esse comando cut em execução na substituição do processo, pelo que, nesses invólucros, file2 pode não estar completo no momento você executa o próximo comando depois disso.