Você não especificou qual sistema operacional está usando, mas pela sua descrição do problema parece que você está usando um dos novos sistemas operacionais que usam o Wayland como o protocolo de sessão gráfica em vez do X11 - como o Fedora.
Em Wayland (pelo menos no GNOME), os arquivos de perfil ( /etc/profile , ~/.profile e outros) não são carregados como parte da sessão gráfica da área de trabalho - veja aqui o GNOME pseudo-explicação deste comportamento .
Geralmente, executar arquivos de script em sessões Wayland não é preferível / factível (dependendo do contexto). Há trabalhos em andamento para resolver alguns dos problemas com isso, incluindo o carregamento de descritores de ambiente estático de vários locais. Veja esta discussão no fórum do Arch para algumas sugestões , mas em geral este é um problema atual que está sendo trabalhado .
O melhor trabalho para este problema, tanto quanto eu posso dizer, é realmente definir o seu programa de terminal para invocar o shell como um shell de login (e quase todos os emuladores de terminal têm essa opção se não a opção de especificar manualmente o linha de comando com os sinalizadores corretos). Existem outras soluções documentadas na Web e neste site de troca de pilhas.