Qualquer sistema de arquivos pode ser montado em qualquer local. Todos os acessos aos arquivos dentro desse ponto de montagem são vistos apenas pelo sistema de arquivos montado nesse local, e não pelos sistemas de arquivos adjacentes. Isso não é diferente de qualquer outra montagem que você faz, necessariamente dentro do sistema de arquivos raiz.
Tanto quanto o sistema de arquivos externo sabe, esse ponto de montagem é apenas um diretório. Ele não saberia o que fazer com solicitações de arquivos que não estão dentro desse diretório a partir de sua perspectiva, portanto, sua suposição não está correta. Não há diferença entre o FUSE e outros sistemas de arquivos neste aspecto.
Chegar ao ponto de montagem a partir da raiz em primeiro lugar irá requerer a travessia dos sistemas de arquivos externos. Esse é o único ponto em que eles são acessados e eles não sabem o que é o restante do caminho.