Você pode adicionar limites de palavras e alterar .
para \.
(para corresponder a períodos literais, em vez de caracteres)
sed 's/\b72\.16\.90\.12\b/#&/g'
Observe também o uso de &
para economizar ao duplicar a substituição. Você provavelmente não precisa do modificador g
neste contexto, já que seus endereços de host são um por linha.