Você pode adicionar limites de palavras e alterar . para \. (para corresponder a períodos literais, em vez de caracteres)
sed 's/\b72\.16\.90\.12\b/#&/g'
Observe também o uso de & para economizar ao duplicar a substituição. Você provavelmente não precisa do modificador g neste contexto, já que seus endereços de host são um por linha.