Você pode usar rsync -aX
para sincronizá-los (incluindo permissões e carimbos de data e hora - ajuste os sinalizadores conforme necessário para sincronizar o que deseja) e --size-only
para desabilitar a marcação de data e hora do algoritmo de verificação rápida. Na página do manual:
--size-only
This modifies rsync’s "quick check" algorithm for finding files that need to be transferred, changing it from the default of transferring files with either a changed size or a changed last-modified time to just looking for files that have changed in size. This is useful when starting to use rsync after using another mirroring system which may not preserve timestamps exactly.
... o que parece basicamente a sua situação. Existe a possibilidade, é claro, de perder alguma alteração que atualizou o arquivo, mas o deixou do mesmo tamanho (digamos, trocando algumas palavras ao redor) - mas se você tem certeza que o executou logo após a cópia sem chance da fonte arquivos mudando, isso não será um problema.
Note, no entanto, que o Unix não possui uma data padrão de "criação". (Veja esta resposta .) Eu não sei se isso irá interagir com qualquer sistema de arquivos e metadados que o seu NAS use e forneça .