Para o seu caso de uso, você só precisa instalar xauth
(e suas dependências) na máquina distante, e os aplicativos que deseja executar junto com suas dependências. Por exemplo, para o Eclipse, você deve precisar apenas de um JDK não-headless e do próprio Eclipse.
Você não precisa de um ambiente de desktop ou mesmo de um gerenciador de janelas, você acabará usando seus equivalentes em seu sistema local (a máquina que executa o servidor X).