As versões Debian dos pacotes MySQL armazenam os dados do MySQL no diretório /var/lib/mysql por padrão. Você pode ver isso no arquivo /etc/mysql/my.cnf também.
Os pacotes Debian não contêm código fonte, se é isso que você quer dizer com arquivos de origem. Os binários são instalados geralmente nos diretórios /usr/bin e /usr/sbin .
Você pode ver onde os arquivos do pacote são instalados usando o comando dpkg -L <packagename> . Observe a letra maiúscula.
Se você quer saber o nome do pacote para o MySQL, você pode usar dpkg -l | grep mysql para ver todos os pacotes que possuem o mysql em seus nomes.