Como jordanm diz, tune2fs -l /dev/...
deve dizer Filesystem state: clean
(mesmo para um sistema de arquivos montado). Eu não tenho certeza se isso é garantido. Você definitivamente não quer Filesystem state: with errors
; contanto que não diga que você deve estar bem.
Se os seus sistemas de arquivos forem construídos em volumes lógicos (com LVM) e você tiver alguma capacidade extra nos grupos de volumes subjacentes, poderá usar lvcheck para executar fsck
em um instantâneo enquanto o sistema está ativo, sem tempo de inatividade.