Para aplicar uma substituição apenas à primeira correspondência em cada linha, basta remover o modificador g (global), por exemplo,
sed 's/ /\t/' input
(a classe POSIX [[:space:]] é um exagero para sua exigência, pois inclui o caractere de tabulação).
FYI a versão GNU de sed tem alguns recursos adicionais, por exemplo especificando qual correspondência deve ser substituída explicitamente por um número, por exemplo,
$ sed 's/ /\t/1' input
AC 12 45
DC 56 89
$ sed 's/ /\t/2' input
AC 12 45
DC 56 89