Você tem dois requisitos aqui ( arquivos da lista de arquivos e remover arquivos de origem ) que gritam por usar rsync
.
Dependendo do que a sua lista de arquivos contenha (caminhos relativos ou absolutos, preservar caminhos no backup, etc.), você poderia fazer:
rsync --files-from=filelist.txt --remove-source-files -avz \
. user@remotehost:/path/to/backup/folder