Se houver 70000 arquivos, mas o seu software de FTP mostrar apenas 9998, obviamente, a culpa é do software FTP e não há limite no sistema de arquivos. Você precisará usar outro software de FTP.
Isso pressupõe que seu script PHP esteja correto, é claro.
Observe que alguns programas de FTP podem omitir arquivos de ponto (arquivos cujo nome começa com .
) por padrão.
Manipular diretórios com dezenas de milhares de arquivos fica difícil. Eu recomendo que você crie outros diretórios e mova os arquivos para esses novos diretórios. Fique com algumas centenas de arquivos por diretório.
Use um programa de FTP sem bugs ou um script PHP para fazer isso.