Assumindo que esses sistemas de arquivos do Windows sejam do tipo de montagem cifs,
mount -a -t nocifs
mount -a -F -t cifs
Isso montará todos os sistemas de arquivos não-cifs, montará todos os sistemas de arquivos cifs em segundo plano e retornará imediatamente. A desvantagem, é claro, é que ele pode retornar antes que qualquer sistema de arquivos cifs seja montado, então você pode ter que esperar alguns segundos e então verificar se cada sistema de arquivos foi montado.