"Root FS" sozinho é um termo não-descritivo, pois não está claro se você usará outros pontos de montagem e quais / onde eles estão.
Assim, em comum - bastante eficiente em termos de espaço é o Btrfs com compress=lzo
(ou mesmo compress-force=
), e foi minha recente escolha para FS raiz, mas a minha raiz FS é somente leitura principalmente porque eu tenho FSs separados para, digamos, / home (EXT4) e armazenamento torrent (que costumava ser XFS, mas agora também é Btrfs, BTW).
Apesar de qual seria a sua escolha, eu recomendo strongmente que você use o LVM-2, já que isso lhe daria flexibilidade com todas as FSs que você acompanha. ; -)