Os arquivos de classe Java são independentes da plataforma. Não há "arquivos de classe de 64 bits", eles são todos do mesmo formato.
As coisas que podem impedir a portabilidade de arquivos de classe e bibliotecas são:
- código nativo obrigatório (isso é obviamente específico da plataforma, incluindo "bitness")
- versão de destino usada para compilar as classes (classes compiladas para destinos de JVM mais recentes não podem ser carregadas por destinos mais antigos)
Além disso, você pode compilar suas classes com um JDK de 32 bits e executá-las em uma JVM de 64 bits (ou vice-versa) - isso simplesmente funcionará.