Bem, uma mudança é sempre uma troca de problemas. Não há sistema operacional ideal. Eu não sei qual software você usa / precisa, mas vtk
e gsl
estão disponíveis para qualquer distribuição Linux moderna.
Problemas de driver geralmente dependem do hardware ... faça algumas pesquisas no google pelo seu hardware e Linux e veja se outras pessoas têm algum problema.
Se você fornecer mais aplicativos que você precisa / perca no MacOS, podemos verificar se há pré-compilações disponíveis em nossas distribuições Linux (o Sabayon Linux aqui).
Por outro lado, o Linux tem quase tudo o que você precisa para o C ++ (libs, compiladores, etc), o Java também roda bem e o Ruby simplesmente funciona. Então, a menos que você especifique aplicações mais concretas, podemos adivinhar o que você precisa.