O verdadeiro problema é que o pacote não foi perfeitamente empacotado (como muitos pacotes são ... infelizmente): O pacote instalou o diretório /etc/<package>
mas não o possui ele; por isso não foi removido após a desinstalação. Normalmente você não deve fazer nenhuma ação extra depois de remover uma rpm.
provavelmente o proprietário tinha algo parecido com isso em seu arquivo de especificações:
%files
/etc/<package>/*
que deveria ter sido:
%files
/etc/<package>/