Usando sed :
$ sed '2,$s/,/.1,/2' file
ip,time,name
1.1.1.1,2018-08-31 10:01:03.1,postgres
2.1.1.1,2018-08-31 12:51:13.1,oracle
3.1.1.1,2018-08-31 14:32:53.1,sql
Isso aplica uma substituição à linha 2 e adiante ( 2,$ ). A substituição s/,/.1,/2 substitui a segunda vírgula por .1, . É o /2 no final do comando de substituição que faz com que ele passe para o segundo jogo.