Você está livre para usar ~/.config
para seus próprios programas, bem como para qualquer outro local que desejar.
Para programas existentes, eles já têm uma localização padrão para seus arquivos de configuração, você não pode alterá-los sem recompilá-los.
Eles podem suportar uma opção para ler sua configuração de um local alternativo. Mas isso significa que, para cada programa, você precisa procurar a documentação e alterar a chamada em todos os lugares.