Como Mark Plotnick comentou , parece que você rearranjou as linhas em alguns ponto, adicionando a linha para ncbi-blast+ após pgp5-gd , mas você esqueceu de remover o && no final de php5-gd para que a próxima linha de continuação liste outro pacote em vez de terminar o comando anterior. O comando como você tinha, teria solicitado a instalação dos pacotes até php5-gd , após o que teria tentado executar ncbi-blast+ , que presumivelmente não estava instalado, e assim teria gerou um erro, após o qual ele não executou o comando rm . Use o seguinte, em vez disso:
RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends \
libapache2-mod-perl2 \
libcgi-pm-perl \
php5-cgi \
php5-mysql \
libapache2-mod-php5 \
php5-mysql \
php5-gd \
ncbi-blast+ && \
rm -rf /var/lib/apt/lists/*