Não poder pré-ordenar os arquivos não é um problema:
comm -13 <(sort fileA) <(sort fileB)
Isso dá
1199.com
1299.com
www2.1329.com
com seus exemplos, supondo que cada host esteja em uma linha separada. -13
informa comm
para descartar a coluna 1 (linhas exclusivas para o primeiro arquivo) e 3 (linhas comuns para ambos os arquivos), deixando apenas as linhas exclusivas para o segundo arquivo.