/usr/local/src
é o equivalente local de /usr/src
, que o FHS descreve como
Source code may be place placed in this subdirectory, only for reference purposes.
Nem /usr/src
ou /usr/local/src
são pretendidos como diretórios de trabalho, especialmente para um usuário específico. Todos os seus dados devem estar em seu diretório pessoal, e o FHS não tem muito a dizer sobre o que você faz lá.
Acho que a solução apropriada no seu caso é configurar o Timeshift para que ele faça o backup de seu código-fonte.