which -a utility retornará todos caminhos de $PATH onde utility é encontrado.
Se o utilitário for encontrado em mais de um caminho, vários resultados serão relatados.
No seu caso, você tem um executável python em /home/autumn/anaconda3/bin e em /usr/bin , e ambos os diretórios estão listados na variável PATH . É por isso que which -a python retorna dois resultados. Remover python de qualquer local removeria a linha correspondente da saída do comando.
Para ver apenas a primeira instância encontrada de python em seu caminho, use
which python
ou
command -v python
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