Supondo que você deseja preservar as larguras de campo e os formatos do bloco de dados numéricos, sugiro algo como
awk '
$1 ~ /[0-9]+/ && $2 ~ /[-+0-9.]+/ {
$0 = sprintf("%6d%12.2f", $1, 100*$2)
} 1
' file
Ex.
$ awk '$1 ~ /[0-9]+/ && $2 ~ /[-+0-9.]+/ {$0 = sprintf("%6d%12.2f", $1, 100*$2)} 1' file
N O D E O U T P U T
THE FOLLOWING TABLE IS PRINTED FOR NODES BELONGING TO NODE SET NSET_OUTPUT
NODE FOOT- NT11
NOTE
3 2000.00
11 2000.00
1003 2375.00
1011 2375.00
2003 2752.00
2011 2752.00
3003 3130.00
3011 3130.00
4003 3508.00