Mover o redirecionamento deve fazer o truque:
for f in $ENV_LOCATION/*.env
do
basename=$(echo ${f##*/} | cut -f 1 -d '.') #Extract base filename from a fullpath. Example: '/etc/secrets/t-secret.env' -> 't-secret'
sort $f | md5sum
done > $temp/aggregate.md5
Para manter o basename
output, aqui está uma versão mais útil:
for f in $ENV_LOCATION/*.env
do
basename $f .env
sort $f | md5sum
done > $temp/aggregate.md5