A maneira correta de verificar as somas de verificação em um arquivo de soma de verificação MD5 é
$ md5sum -c file.md5
No seu caso:
$ md5sum -c myfile_v2.1.md5
Isso lerá o nome do caminho e as somas de verificação no arquivo MD5 e as verificará nos arquivos correspondentes no disco.
Sua linha de comando:
md5sum myfile_v2.1.ova -c myfile_v2.1.md5
Isso é equivalente a
md5sum -c myfile_v2.1.ova myfile_v2.1.md5
(devido à maneira como alguns utilitários GNU movem as opções de linha de comando para o início da lista de argumentos). Isso significa "verificar as assinaturas encontradas nesses dois arquivos de soma de verificação MD5". Como o primeiro arquivo não é um arquivo de soma de verificação MD5, ele reclama.
Observe também que ele verifica corretamente uma soma de verificação do arquivo MD5.