noatime desativa as atualizações implícitas de tempo de acesso (aquelas que ocorrem como um efeito colateral de uma operação em um arquivo); Ele não afeta as atualizações de tempo de acesso explícito (em que um programa solicita explicitamente ao sistema operacional que atualize o tempo de acesso de um arquivo). Quando você usa touch de um arquivo, solicita explicitamente que você atualize os horários de acesso e modificação, e é isso que acontece.
Você pode touch um arquivo sem alterar o tempo de acesso, usando a opção -m ; somente a hora da modificação será atualizada.