Com sed
, supondo que você tenha apenas 5 colunas e a coluna que deve ser citada é column4 no seu caso:
sed -E 's/"//g; s/^(([^|]*\|){3})(.*)(\|[^|]*)$/""/' infile
Isso funcionará mesmo se não houver cotações inseridas pelo usuário, se forem inseridas cotações por usuário ou por canal.
Aqui está uma solução awk
também conforme solicitado:
$ awk -F'|' '{ for (i=1; i<NF; i++){if (i>3)gsub("\"","");
printf (i!=(NF-1))?$i"|"((i==3)?"\"":""):$i"\"|"}; print $NF}' infile
col1|col2|col3|"col4"|col5
test|test_f|21/03/2017|"|||||USER RIGHTa anything here"|123