Este erro geralmente ocorre quando você tem dois repositórios com o mesmo nome. Eu acho que você pode ter nomeado as duas entradas da mesma forma.
Tente entrar em /etc/yum.repos.d
Veja os dois arquivos de epel.
Verifique se o nome é diferente.
cd /etc/yum.repos.d
cat epel.*
Verifique se eles têm um nome diferente.
A linha em que você está interessado é:
name=SomeName
Se eles compartilham o mesmo nome, altere-o para que eles sejam diferentes.