Na página do bash man:
SHLVL Incrementado por um cada vez que uma instância de bash é iniciada.
Como você pode ver, essa variável não está relacionada ao fato de ser um shell de login ou não. Significa apenas que o seu bash shell foi iniciado por outro shell bash. Como não sabemos exatamente o que você está fazendo para obter seu shell, não posso dizer por que você tem uma invocação de shell aninhada, mas aqui estão alguns casos comuns:
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Você está iniciando uma nova janela de terminal a partir da linha de comando
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Você está usando algum recurso do sistema operacional para iniciar uma nova janela de terminal, e esse recurso é implementado iniciando um bash primeiro que, em seguida, executa o terminal que, por sua vez, executa um novo shell
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Você tem uma chamada
bash
recursiva em seu .bash_profile que é executado sempre que SHLVL é igual a 1 (isso soa estranho, mas já vi isso duas vezes!)