Espere, provavelmente, pois isso pode gerar seu script, responder ao prompt de senha e, em seguida, não tenho certeza de como é o prompt do seu console Java ou exatamente o que ele espera, mas:
#!/usr/bin/env expect
spawn -noecho ./myScript.sh
expect -ex password
send -raw "Hunter2\r"
expect -ex javaConsole
send -raw "backup.method(\"/backup/dir\");\r"
# and either you'll need to wait or interact with the java
# to keep it running...
interact
Você também pode executar uma sessão de avaliação com autoexpect
e, depois, ver o que isso gera para automação.