Uma maneira de fazer isso, assumindo o GNU find
e assumindo que seus nomes de arquivos não possuem novas linhas incorporadas:
find /some/dir -type f -printf '%P\n' | grep / | cut -d/ -f1 | sort | uniq -c
Exemplo de saída:
5322 X11R6
316 bin
89 lib
2165 libdata
50 libexec
19220 local
10 mdec
206 sbin
8970 share
Você pode usar awk
ou sed
para formatar isso, se precisar.