Algo como isso talvez?
find . -type d -name data \
\! -exec test -f {}/Archive.zip ';' \
-execdir zip -rj data/Archive.zip data ';'
Isto localizaria cada diretório data (primeira linha).
O \! -exec test -f {}/Archive.zip ';' filtraria qualquer diretório data que não contenha nenhum arquivo chamado Archive.zip .
Esta linha pode ser substituída por \! -execdir test -f data/Archive.zip ';' .
O último -execdir executaria o comando zip fornecido dentro do diretório pai do diretório data . Isso criaria data/Archive.zip contendo os arquivos em data (sem nenhum caminho anexado aos nomes de arquivos arquivados).
Isso é semelhante a minha resposta à sua pergunta anterior , mas com o teste da existência de data/Archive.zip inserido.