Você provavelmente desejará dividir isso em duas operações: uma para buscar a lista e outra para buscar os arquivos listados.
# Fetch the list
scratch=$(mktemp -d)
trap "rm -fr $scratch" EXIT
scp user@host:/root/ftp1/note.lst $scratch/filelist.txt
# transmogrigy the list into the SFTP script:
awk 'BEGIN{ print "lcd /root/foleder1"; print "cd /root/ftp1" } { print "get \"" $0 "\"" }' > $scratch/script.sftp
# execute the SFTP script
sftp -b $scratch/script.sftp user@host