Excluindo o arquivo
/var/lib/PackageKit/offline-update-competed
resolve isso.
Solução encontrada no fórum Debian aqui . Parece que é um bug conhecido .
Mas parece estar lá há pelo menos dois anos. E assim pode acontecer de novo eventualmente. Espero que alguém conheça uma solução melhor.
(E, a propósito, há um erro de digitação no nome do arquivo .)
Acompanhamento: Não estou mais tendo esse problema, mas não estou mais agindo na notificação de atualizações, nem selecione a opção "instalar atualização" ao encerrar. Eu apenas deixo a atualização autônoma fazer o trabalho. Parece-me uma maneira confiável de evitar o problema.